بررسی وضعیت چشم قبل و بعد از عمل جراحی برای بررسی نتایج عمل لیزیک، لازک و … از توپوگرافی چشم استفاده می‌شود. اندازه لنزهای داخل چشمی و تماسی نیز یکی از این مواردی است که باید مطابق با وضعیت چشم بیمار طراحی و تولید شوند. در غیر این صورت مشکلاتی چون تنگ یا گشادی لنزهای مصنوعی رخ می‌دهد. تنگی لنزهای مصنوعی عملکرد سلول‌های چشم را دچار اختلال می‌کند. گشاد بودن نیز موجب حرکات اضافه لنز داخل چشم شده و به سلول‌های اپیتیال آسیب می‌زند.
بررسی میزان خشکی چشم روی قرنیه از شکاف‌های بسیار ریز تشکیل شده است. وجود اشک برای پر کردن این شکاف‌ها و صاف کردن سطح قرنیه الزامی است. صاف بودن سطح این لایه به متمرکز ساخت پرتوهای نور ورودی به چشم کمک می‌کند. امکان ارزیابی وضعیت خشکی سطح قرنیه با روش توپوگرافی امکان‌پذیر است.
کاربردهای این تصویربرداری محدود به بررسی ناهمواری‌های سطح قرنیه نیست. بلکه اندازه گیری فشار داخل چشم، ضخامت قرنیه، اسکار قرنیه، میزان خشکی قرنیه و بسیاری موارد دیگر را نیز شامل می‌شود.
توپوگرافی چشم برای تشخیص عیوب انکساری چشم از قبیل نزدیک بینی (میوپی)، دوربینی (هیپروپی) و آستیگماتیسم کاربرد دارد.
تشخیص اسکار قرنیه به دلایل مختلف بروز پیدا می‌کند؛ به‌عنوان‌مثال می‌توان به درجات شدید قوز قرنیه یا خراش و آسیب فیزیکی آن اشاره کرد. امکان بروز اسکار تحت تأثیر خشکی قرنیه یا ورود باکتری و ویروس به چشم نیز وجود دارد. این مشکل با علائمی چون درد، حساسیت به نور، آبریزش چشمی و کاهش میزان بینایی نمایان می‌شود. با توپوگرافی چشم امکان تشخیص تغییرات روی قرنیه به دلیل اسکار وجود دارد.
تشخیص قوز قرنیه یا کراتوکونوس که نوعی عارضه چشمی است به دلیل تغییر شکل قرنیه ایجاد می‌شود. قرنیه در حالت طبیعی دارای شکل کروی، منظم و یکنواخت است. اما در شرایطی کاهش ضخامت، بیرون‌زدگی و شکل مخروطی پیدا می‌کند. این عارضه که قوز قرنیه نام دارد در توپوگرافی چشم به خوبی نمایان است. در تصاویر حاصل از این روش، بخش مرکزی به رنگ قرمز دیده می‌شود. رنگ گرم نشان‌دهنده شیب زیاد در محدوده مرکزی قرنیه است.